Co do zasady, transakcje pomiędzy podmiotami wchodzącymi w skład podatkowej grupy kapitałowej nie generują obowiązku w zakresie cen transferowych. Ze względu na konstrukcję podatkowej grupy kapitałowej, zakładającą że podmioty z grupy rozliczają się wspólnie, spółki tworzące grupę traktuje się jak jednego podatnika. Nie oznacza to jednak, że w stosunku do PGK nigdy nie zaistnieje obowiązek uwzględniania przepisów o cenach transferowych.
Zgodnie z art. 9a ust. 3e ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, przepisy dotyczące dokumentacji cen transferowych stosuje się odpowiednio do transakcji lub innych zdarzeń dokonanych między spółkami tworzącymi podatkową grupę kapitałową a niewchodzącymi w skład tej grupy podmiotami powiązanymi w rozumieniu art. 11.
Jak wynika zatem z powyższego, PGK ma obowiązek sporządzania dokumentacji cen transferowych w przypadku, gdy spółki ją tworzące zawierają transakcje z podmiotami mającymi status podmiotów powiązanych, które jednak w skład tej grupy nie wchodzą.
Na tle powyższej regulacji pojawia się wątpliwość, jak rozumieć pojęcie „odpowiednie stosowanie”. Podatnicy nie mają pewności czy w takich przypadkach dokumentację powinna sporządzać dana spółka wchodząca w skład PGK, dokonująca transakcji, czy też sama PGK. Dodatkowo problematyczne jest ustalenie, czy limity przychodów (kosztów) decydujące o obowiązku sporządzenia dokumentacji należy ustalać dla PGK jako całości czy też liczyć je w oparciu o dane ze spółki będącej członkiem PGK, biorącej udział w transakcji.
W interpretacjach podatkowych zasadniczo wskazuje się, iż limit dokumentacyjny należy odnosić do PGK jako całości. Przykładowo, w interpretacji Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 30 czerwca 2017 roku, nr 0114-KDIP2-2.4010.79.2017.1.AZ stwierdzono, że sporządzenie dokumentacji podatkowej dotyczącej transakcji z podmiotami powiązanymi nie należącymi do PGK, powinno nastąpić w zakresie wyznaczonym przez limity wynikające z tego przepisu obliczone dla podatnika, tj. podatkowej grupy kapitałowej.
Podobne stanowisko zaprezentowało Minister Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską nr 18590. Minister Finansów wskazał, że biorąc pod uwagę zarówno brzmienie art. 9a ust. 1 i ust. 3e ustawy o CIT, jak i prawno-podatkowy charakter konstrukcji PGK, uznać należy, że określając progi dotyczące sporządzenia dokumentacji podatkowej w analizowanym przypadku, punktem odniesienia powinien być PGK jako podatnik, a nie poszczególne spółki należące do PGK.
Spółki tworzące podatkową grupę kapitałową, określając obowiązek dokumentacyjny, powinny zatem uwzględniać przychody (koszty) całej grupy. Dotyczy to zarówno dokumentacji lokalnej jak i tzw. Master File.
