Ceny transferowe to kwestia która potencjalnie może dotyczyć każdego przedsiębiorcy. Przykładowo, przepisy o cenach muszą mieć na uwadze także spółki wchodzące w skład podatkowej grupy kapitałowej, pomimo, iż członkowie PGK nie są na gruncie podatkowym traktowani jako oddzielne podmioty. Spółki tworzące PGK mogą jednak zawierać transakcje z podmiotami powiązanymi nie wchodzącymi w skład podatkowej grupy kapitałowej, i tu powinno uwzględniać się przepisy dotyczące obowiązku dokumentacyjnego. Do stosowania przepisów o cenach transferowych mogą być zobowiązane podmioty z różnych branż, bez względu na przyjęty przez nie sposób rozliczania się z fiskusem i stosowane zwolnienia z podatku. Nie inaczej jest także z podmiotami działającymi w specjalnych strefach ekonomicznych (SSE).
Prowadzenie działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej ma z założenia przynieść podatnikowi określone korzyści podatkowe. Przypomnijmy, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, zwalnia się od podatku dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych. Zwolnienie podatkowe przysługuje podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu (ust. 4 art. 17).
Należy jednak zauważyć, iż prowadzenie działalności strefowej i korzystanie ze zwolnienia z podatku w stosunku do dochodów uzyskanych z tego typu działalności nie zwalnia podatnika z obowiązku dokumentacyjnego. Do podatników działających na terenie SSE przepisy o cenach transferowych stosuje się na zasadach ogólnych.
Warto przy tym zwrócić uwagę na kwestię cen transferowych w sytuacji, gdy obok działalności strefowej podatnik prowadzi także działalność pozastrefową (podlegającą opodatkowaniu).
W takim przypadku, dla celów ustalenia zakresu preferencji dla działalności strefowej przyjmuje się fikcyjne założenie, że mamy do czynienia z dwoma oddzielnymi podmiotami. Istotne jest zatem aby pamiętać, że transakcje wewnętrzne (transakcje pomiędzy tymi dwoma „oddzielnymi” podmiotami – częścią przedsiębiorstwa prowadzącą działalność strefową i częścią przedsiębiorstwa prowadzącą działalność pozastrefową) były przeprowadzane na zasadach rynkowych. Mogą bowiem podlegać ewentualnemu doszacowaniu przez organy podatkowe w przypadku stwierdzenia, że wewnętrzne transakcje zostały ukształtowane w nierynkowy sposób. Doszacowanie może zaś mieć wpływ na poziom dochodu z działalności strefowej i niestrefowej i w efekcie na wysokość podatku dochodowego.
